Il territorio del comune è prevalentemente collinare, l'utilizzo del suolo è in prevalanze agricolo sono inoltre presenti ampie zone boschive.
Il nome del paese si pensi che derivi dal latino palaga che significa "pepita d'oro", infatti la zona vicino alla frazione di Boccassuolo è stata soggetto nei secoli scorsi di innumerevoli scavi per l'estrazione di rame e ferro.
La prima volta che la località viene citata è intorno al 1144 quando Palagano era il villaggio più popolato di quell'epoca, nel 1197 si costituì comune autonono.
Col passara dei secoli il Comune passò prima agli Estensi poi nel 1741 sotto ai Sabbatini di Fanano che restarono finò alla rivoluzione Francese. Dopo l’ingresso nel Regno d'Italia, nel 1869 il comune venne soppresso e passò amministrativamente sotto Montefiorino. Nel 1957 fu ricostituito comune autonomo.
Durante la seconda guerra mondiale il territorio comunale fu teatro di violenti scontri tra partigiani e nazifascisti, culminati nella strage di Monchio, Susano e Costrignano dove, il 18 marzo 1944, furono trucidati per rappresaglia 136 civili inermi dall'esercito tedesco. tutto il territorio ha successivamente fatto parte della Repubblica partigiana di Montefiorino. Una pagina triste e dolorosa per anni cancellata dai libri di storia che la popolazione con grande dignità ha cercato di dimenticare.
Nel comune vi sono un gran numero di associazioni comitati e circoli colturali come la Corale Palaganese, l'Avis, l'AVAP, la Luna-nuova o il "Palagano Fuoristrada Club" nato nel 1982.