Nel XIII il territorio di Fusignano era formalmente di proprietà della Chiesa. Azzo V d'Este nel 1213 infeudò Fusignano al capitano delle sue milizie, Francesco Mancini. Data la debolezza del potere papale, il feudo finì nelle mani dei Conti di Cunio, i più potenti signori dell'epoca. Nel 1250 fecero costruire il castello. Nel XIV secolo Fusignano passò, con altri castelli della Bassa Romagna, agli Este di Ferrara. Nel 1467 Borso d'Este donò il castello e il territorio di Fusignano a Teofilo Calcagnini. Il 6 giugno 1535 Domenico Nicola Mancini fu creato Marchese di Fusignano dal principe Francesco d'Este, in quanto discendente di Francesco Mancini e fu il capostipite del Ramo di Napoli della famiglia Mancini. Nel 1598, esauritasi la dinastia estense, Fusignano finì, con tutto il ducato, allo Stato Pontificio, inserito nella Legazione di Ferrara. .Con la costituzione del Regno d'Italia, Fusignano fu incluso nella provincia di Ravenna. La seconda guerra mondiale sostò per quattro mesi sul fiume Senio, che lambisce il centro abitato, riducendo Fusignano ad un cumulo di macerie e quasi azzerandone il patrimonio artistico.